充分的接觸

臭氧雖然具有很強的滅菌效果，但它的穿透性比較差，遠遠比不上60Co和環氧乙烷，和蒸汽比起來也稍有遜色，所以接觸充分是臭氧滅菌的首要條件。如果沒有一種很好的設備能保障藥粉和臭氧的充分接觸（混合），就不能臭氧滅菌的均勻性，會出現滅菌死角，給藥品質量埋下隱患。

適當的濃度臭氧的氧化性使之具有較強的滅菌效果，但事物總是兩面的，強氧化性又會對易于氧化的物品有破壞，如對橡膠的氧化就非常嚴重。而有些藥粉含有易氧化的成分，如蒽醌類、熊果酸等，如果濃度太高就會對他們破壞嚴重；但因為藥粉的微生物含量一般都比較高，原生藥材直接入藥的藥粉微生物甚至達到幾百萬每克，如此高的微生物含量用一般的臭氧濃度是奈何不了的，所以既能有效滅菌又不嚴重破壞有效成分，就必然對臭氧濃度的選用提到了很高的精度。

恰當的時間

臭氧滅菌是一個化學過程，它需要一定的反應時間，理論上講在濃度適當的前提下，延長滅菌時間有助于提高臭氧的滅菌效率；但臭氧滅菌的同時也是和易氧化成分發生氧化反應的過程，臭氧和藥粉的接觸時間越短，對藥粉的化學成分破壞越小，這就對滅菌時間控制提出了較高的要求。只有結合適當的濃度，經過多次的實驗才能合理確定滅菌的時間，否則會對藥粉的化學成分有較大的破壞，在我們的針對性實驗中曾發現臭氧對白術中目標成分熊果酸的破壞率高達68%。

較高的純度

       由于臭氧制備技術和氣源處理技術原因，傳統的臭氧發生器會產生大量有毒的氮氧化物（NOx），氮氧化物會和藥粉中的某些化學成分反應，形成亞硝酸鹽、硝酸鹽等有害物質。所以用于藥粉滅菌的臭氧發生器及氣源要嚴肅對待，否則會產生不良后果。