中藥粉末滅菌一直是比較困難的，目前市面上常用的設備就是高壓蒸汽滅菌柜、熱風循環干燥箱、隧道式微波干燥機、輻照等，臭氧穿透性非常差，所以滅菌效果差，幾乎不用考慮，用在潔凈空間消毒是可以的。
高壓蒸汽滅菌柜：115-121℃，15-30min，蒸汽穿透性差，存在上下死角，滅菌不徹底。自然冷卻時間長。花費很大人力物力和時間清洗托盤。要按照壓力容器規范進行維護保養，易引起爆瓶和不安全事故。濕熱滅菌易潔快，需要重復粉碎，已造成二次污染。
熱風循環干燥箱：135-140℃ 3-5h；160-170℃ 2-4h；180-200℃ 0.5-1h，干熱空氣穿透性差，只在物料表面流過，自然冷卻時間長。易結塊，只適合耐高溫藥粉，對大部分藥粉都不適合，環境溫度高，浮塵大，易造成炭化物污染。
隧道式微波干燥機：一般丸劑1h,蜜丸6h，高頻震蕩，分子間摩擦產生熱量進行干燥，設備體積大，要定期檢查屏蔽性能防止泄露。定期清理藥粉，不然會降低效能。定期檢查傳輸系統。定期檢查冷卻系統，稍有泄漏就會造成短路事故。雖然有屏蔽措施，但時間長了微波也會有泄露，會對人體造成傷害。如果爐內或者藥粉中含有金屬，會引起打火現象。傳輸帶的入料投放過多，掉入爐腔內的物料會燃燒。
